输出布局

工作目录（构建过程中）

构建过程中，每个版本都有 raw/（下载）和 build/（可加载到浏览器）两个工作目录。使用 refbox pull --no-flat 或 refbox download 会得到这种布局。

{REFBOX_OUT}/
  {Species}/
    {Assembly}/
      raw/                          # 原始下载 / 复制
        genome.fa
        transcriptome.fa             # 可能由基因组 + GTF 推导
        annotation_gtf.gtf
        annotation_gff3.gff3
        repeats_rmsk.tsv
        repeats_fa.fa
        rnacentral.gff3              # 可能从其他版本 lift
        ccre.bed
        cytoband.tsv                 # UCSC cytoBand[Ideo] 文本，或 bigBed（hs1）
      build/                        # 可加载到浏览器
        genome.fa.gz                 + .fai + .gzi
        chrom.sizes
        transcriptome.fa.gz          + .fai
        transcriptome.derived.fa.gz  + .fai   # gffread 提取，当有 GTF 时
        annotation.sorted.gtf.gz     + .tbi
        annotation.sorted.gff3.gz    + .tbi
        repeats.sorted.bed.gz        + .tbi
        repeats.sorted.gtf.gz        + .tbi
        rnacentral.sorted.gff3.gz    + .tbi
        ccre.sorted.bed.gz           + .tbi
        cytoband.sorted.bed.gz       + .tbi
        cytoband.bb                          # bigBed（bed4+1，含 gieStain）

发布布局（默认）

pull 以 publish 步骤收尾（用 --no-flat 跳过），它把每个 build/<name> 扁平化为 版本目录下的 <Assembly>.<name>，并删除 build/ / raw/：

{REFBOX_OUT}/
  {Species}/
    {Assembly}/
      {Assembly}.genome.fa.gz            + .fai + .gzi
      {Assembly}.chrom.sizes
      {Assembly}.annotation.sorted.gtf.gz   + .tbi
      {Assembly}.annotation.sorted.gff3.gz  + .tbi
      {Assembly}.repeats.sorted.bed.gz      + .tbi
      {Assembly}.repeats.sorted.gtf.gz      + .tbi
      {Assembly}.rnacentral.sorted.gff3.gz  + .tbi
      {Assembly}.ccre.sorted.bed.gz         + .tbi
      {Assembly}.cytoband.sorted.bed.gz     + .tbi
      {Assembly}.cytoband.bb

环境变量

变量	含义
REFBOX_OUT	{Species}/{Assembly}/{raw,build}/ 的默认输出根目录（否则为当前目录）
REFBOX_CONFIG	自定义 species.yaml 的路径（覆盖内置注册表）

状态报告器

python -m refbox.report --out /path/to/reference > report.md

遍历输出目录树，生成一份 Markdown 报告，按版本列出每个产物的状态 （✓ 完成 / ⚠ 缺索引 / ✗ 缺失）及大小。